Bonjour,
Je comprends mieux le problème.

Il y a deux sujets. On va essayer de les prendre un par un.
1 - Le choix d'un JPEG en guise de vignette d'un RAW:Je crois comprendre que tu es gêné par une différence entre la vignette du RAW qui apparaît en couleur et l'image JPEG que tu as obtenue par ailleurs et qui est en N&B. Tu souhaiterais utiliser ce JPEG en guise de vignette.
La réponse est simple : Ce fonctionnement n'est pas possible : tu ne peux pas associer un JPEG à une vignette de NEF. La vignette du NEF affichée dans LR est celle produite par LR pendant l'importation, et par la suite, celle que tu auras obtenue en faisant tes réglages dans le module de développement.
En revanche, tu peux empiler tes RAW et tes JPEG. En mettant le JPEG au-dessus de la pile, tu ne vois plus que l'image N&B. Le RAW serait caché derrière. De cette façon, ta bibliothèque te montrera tes "anciennes" vignettes. Pour accéder au RAW, il te faudra désempilier (clic droit > desempiler) et double-cliquer sur le RAW.
2 - Le problème des métadonnée produites dans photomechanicCet outil écrit ses métadonnées dans les fichiers et peut aussi produire un fichier XMP. Donc, tout ton travail (concernant les métadonnées descriptives EXIF / IPTC et non les données de développement LR) fait préalablement sur tes NEF est récupérable de photomechanic vers LR et inversement, en passant par XMP (puisque LR n'écrit pas dans les RAW, pour des raisons sérieuses, d'ailleurs...)
La réponse est : Il n'y a là théoriquement, aucun problème.
Voilà, n'hésite pas à préciser point par point les problèmes que tu as pour que je puisse t'aider efficacement.
En espérant que cela aide...
Laurent