Bonjour,
J'ai eu le même choix.
Si tu souhaites faire du studio, le D5000 ne te rendra pas la tâche facile. Avec le D90, je pilote mes flashs à distance, sans fil.
Au cas où j'ai envie de me retrouver sur les photos, j'ai aussi une télécommande sans fil. Sur le D5000, tu peux mettre une télécommande mais à fil. Il est préférable dans ce cas d'orienter l'écran et de mettre le retardateur (retardateur qu'a aussi le D90).
Le boitier n'est pas le même. Je l'ai mieux en main. C'est une question de goût. En revanche, le D90 dispose de raccourcis que le D5000 n'a pas.
L'écran... Je m'en sers uniquement lorsque je ne suis pas assez grand pour mettre mon œil dans le viseur

(Ca arrive mais c'est rare quand tu tiens ton boitier au-dessus de ta tête parce qu'il y a foule par exemple). L'autre intérêt de l'écran, c'est la vidéo : je ne fais pas de vidéo mais la résolution de l'écran est meilleure sur le D90.
Visée plus claire sur le D90 parce qu’il a un prisme. Le D5000 a un miroir.
Le D90 est plus rapide aussi autant à l'allumage qu'en rafale (c'est pas flagrant mais bon).
La batterie dure plus longtemps.
Si tu aimes les focales fixes tu as un double avantage à prendre le D90. Il est motorisé donc tu peux mettre des objectifs qui eux ne le sont pas et faire fonctionner ton autofocus. Tu peux donc utiliser les objectifs AF et non pas seulement AF-S. Les objectifs plus anciens sont souvent moins chers et ça augmente tes possibilités de choix.
Le D90 est de la gamme au-dessus du D5000. Il est souvent considéré comme un semi-pro, ce qui n'est pas le cas du D5000 qui reste un amateur juste au-dessus d'un D3000. Le D90 existe depuis 2008 et même avec la sortie de son remplaçant (D7000), il a actuellement un rapport qualité/prix imbattable sur le marché donc il est toujours acheté même en neuf. Le D90 a été confronté aux 450D, 500D, 550D et dernièrement le 600D de Canon. Le 600D de Canon n'est toujours pas le meilleur sur tous les tableaux.
Si en revanche, la vidéo te plait, pense à regarder le D5100 ou le D7000 ou complète avec une caméra car ni le D5000 ni le D90 n'est bon en vidéo.