Du moment que certains fichiers NEF ne s'ouvre pas et que d'autres s'ouvre normalement avec capture, c'est que CNX2 et ton système ne sont pas fautif.
Tu as envoyé un fichier à Jaco qui s'ouvre chez lui, donc, très bonne nouvelle, tes fichiers ne sont pas corrompus et de plus le finder et Gimp peuvent les ouvrir, c'est une preuve suplémentaire du bon état de tes fichiers.
Donc, c'est pas le système, c'est pas Capture NX2 et c'est pas tes fichiers, qu'est ce qu'il reste ?
Tu devrais éssayer de déplacer tes fichiers, sur un DD externe par exemple, où recopie les sur la carte de ton reflex et réimporte les à un autre endroit, dans un autre dossier existant (sans que Nikon transfer face une création de dossier).
Eric