N'ayant jamais utilisé Capture NX, je ne peux pas dire ce qu'il fait réellement.
Mais ce qui est certain, c'est que Bibble ne modifie pas le RAW, il l'interprète, les modifications que l'on y apporte sont bien entendu sauvegardées, mais pas dans le RAW, dans un fichier à côté. Si Capture NX écrase les RAW, c'est peut-être que Nikon est à l'origine du format NEF, et est donc en mesure d'écrire un fichier NEF, alors que les logiciels tiers ne se contentent que de les lire.
En fait, je ne vois pas l'intérêt de vouloir écraser la prise de vue, ce que l'on souhaite après avoir fait un traitement, c'est que l'on puisse visualiser le fichier de sortie, sur le web, ou sur papier après impression. Que le RAW soit réécrit, ou que les modifications soient conservées, le résultat final est le même: tant que ce n'est pas exporté, l'image n'est pas publiable.