bonjour,
il va falloir trancher

Perso j'ai une préférence pour le plus récent des deux, le D800. J'en ai un, acheté d'occasion, très satisfait, très polyvalent. Je fais aussi bien du sport, de l'animalier que du paysage et de la photo de rue et quelques portraits.
Je photographie sans problème à iso 3200. A iso 6400, c'est encore assez exploitable, mais tu ne feras pas de grands format pour impression. La possibilité de croper sans problème les photos, avec 36Mpx, il y a de la marge. Ce qui est assez confortable pour le cadrage avec le D800. Pour le D3s, tu auras moins le droit à l'erreur.
Maintenant si la montée en iso est primordiale, peut-être préférer le D3s (ou le D750).
Concernant l'autonomie, tu compléteras aisément le D800 avec une poignée grip (et une 2e batterie), ce qui, pour la même ergonomie que le D3s, te donneras une autonomie amplement suffisante.
Pierre