Il n'y a pas vraiment de réponse définitive à ta question car tout dépend de l'éclairage de l'église mais aussi tu type de photos que tu veux faire : gros plan, plan large, les deux ?
- Parlons déjà du flash. Son problème, c'est qu'il expose correctement sur un plan. Tout ce qui est derrière s'assombrit très rapidement tandis que ce qui est en avant devient rapidement surexposé (effet "fromage blanc"). Il faut donc chercher à équilibrer au maximum la lumière naturelle et celle du flash pour éviter les gradients de luminosité : monter les ISO, 800, 1000 ??? mais aussi ouvrir le diaphragme et baisser la vitesse de déclenchement à sa valeur minimale garantissant contre le flou de bougé du photographe.
- Enchaînons sur la vitesse (tu n'en parles pas) : ton objectif est stabilisé, donc en te calant bien, tu dois pouvoir descendre au 1/15 s. Mais encore faut-il que le déplacement du sujet soit compatible avec cette vitesse. Ceci dit, ce n'est pas dramatique si bébé bouge les bras. L'important, c'est que son visage soit net. Le flash t'aidera à figer le mouvement.
- Reste le diaphragme. Ton option f/5.6 parait ambitieuse. Je pense qu'il faudra auvrir au maximum et puisque ton zoom est à ouverture glissante, privilégier les plans un peu large pour bénéficier du f/2,8 quitte à recadrer ultérieurement la photo.
Mais tout ceci n'est qu'une base de départ qu'il faudra affiner très rapidement lorsque tu seras en place. Peut-être aura-tu la surprise d'avoir plus de lumière que prévu. L'idéal serait alors de se passer du flash pour un rendu plus naturel.
Dernier point, pense à shooter en RAW + JPeg afin d'avoir une assurance en cas de problème de balance des blancs ou d'exposition. L'idéal dans des ambiances sombre est d'exposer bien à droite. Vérifie l'histogramme après la première prise. La lumière étant réputée ne pas changer, tu pourras ensuite passer en mode manuel.