Je reviens aux nouvelles si ça vous intéresse.
J'ai reçu le nouveau 50mm f/1.8 de la part d'Amazon. A main levé le constat est le même, une netteté pas toujours identique d'une photo à l'autre. J'ai donc essayé de faire le test avec le reflex stabilisé sur une table et là plus aucun soucis (ce que je n'avais pas fait avec l'autre, bonjour ma rigueur scientifique je sais) 
Donc :
-Soit Parkinson me guette
- Soit les photosites du 24MPX sont très sensibles au mouvement à une vitesse "faible" de 1/320 ou moins.
Cette légende des capteurs très pixélisés et images floues est tenace. Il n'y a pas plus de risque de flou. Ce n'est pas parce que tu changes de capteur que toi le photographe tu vas trembler un peu plus. Le photographe ne change pas, la prise en main est à peu près la même (en tout cas, on ne tremble pas plus en changeant d'appareil). Ce qui se voit, ce sont les petits défauts, puisque les photosites sont plus petits. Mais à taille de tirage égale, tu ne verras pas plus de flou avec un capteur de 6 Mpixels et un capteur de 24 Mpixels, sauf si tu imprimes en A1 ou plus grand et que tu regardes de très près (ou zoom 100% sur écran).
Le 50 mm surtout ouvert à f/1.8, il faut faire très attention à la précision de la mise au point. Je n'hésite pas à faire plusieurs photos pour qu'au moins l'une d'elle soit nette à l'endroit que j'ai choisi. Avec le viseur, la mise au point est très rapide, mais pas très précise (mesure de la différence de phase). Avec l'écran, la mesure est plus lente, mais très précise (mesure par différence de contraste). Mes photos faites à f/1.8, f2.8 et même f/4, je les regardes en zoomant sur l'écran pour vérifier la mise au point. Et ce, quel que soit l'objectif.
Ce que tu constates est donc tout à fait normal.