Neufs, les MF sont généralement plus chers par rapport aux AF équivalents. La principale raison est à mon avis la construction métallique. Même si l'outil de production est rentabilisé, le coût de construction est supérieur à celui d'un objectif en plastique moulé.
Quant aux formules optiques, pour tout ceux qui sont au catalogue, c'est à peu près pareil en AF et MF.
Les AF ont l'avantage d'être AF 
donc autofocus. C'est quand même bien pratique des fois.
Les MF ont l'avantage d'être MF et donc d'avoir une bague de mise au point plus longue, souvent un poil plus dure (voire deux) et sont donc un régal pour la mise au point manuelle (ce qui est parfois aussi bien pratique. Rien n'est vraiment simple en photo 
)
Les autres différences sont purement esthétiques.
Il y a néanmoins deux autres différences de taille : à part deux "AI-P", les MF sont quasiment inutilisables sur les boîtiers contemporains non professionnels sans cellule extérieure (mesure TTL inopéranté).
En revanche, on aura des problèmes sur des boîtiers pré-AI avec les objectifs dépourvus de la fourchette de couplage et sera contraint de mesurer la lumière avec le testeur de profondeur de champ. Mais, au moins, c'est possible !
Quant à la M.A.P. manuelle sur les objectifs AF, cela dépend aussi un peu de la gamme de prix (et de l'ancienneté). On peut supposer que sur un objectif macro, même AF, elle doit être assez bien utilisable. Et depuis les premières optiques AF (non D encore, par ailleurs), Nikon a tout de même compris qu'il fallait revenir à une bague utilisable en manuel au lieu de ces trucs riquiqui sur les premiers modèles.
Il existe par ailleurs des optiques AF plutôt bien finies, comme le 2,8/35-70 (qui, selon un magazine allemand, serait même une merveille en numérique, par ailleurs, malgré une plage de focales alors plutôt peu intéressante).
Ce qui est dommage, c'est que nombre d'objectifs ne sont toujours disponibles qu'en MF (1,4/35 par exemple).
