Rien d'étonnant pour moi.
Quand tu importes une photo RAW dans LR (ou Photoshop c'est pareil, ou NX2 ou ce que tu veux) le logiciel 'fabrique' un aperçu écran puisque par définition le RAW ne peut être affiché en l'état.
Lors de la fabrication de cet aperçu le moteur de dématriçage (ici Camera Raw) applique forcément des réglages par défaut.
Au final ce qui importe c'est de savoir jusqu'où tu peux aller en ISO ? Alors joue avec les réglages de gestion du bruit (LR5 fait des merveilles vs. LR4), trouve le plus adapté, tu enregistres en preset (un par sensibilité par ex.) et tu l'appliques sur toutes les prochaines images.
Avec le D700 j'ai créé un preset 3200 et 6400 ISO qui ne fait que corriger le bruit, et je ne m'occupe plus de ce réglage lors du traitement.