La différence entre un NEF et un tiff (16 bits) reste marginale. Le NEF, et les raw en général, ne sont que des tiff monochrome (= en niveau de gris, sans l'information de couleur, qui est reconstituée par le dématriçage).
Il y a en effet une perte en confort, mais si on le résume, il consiste à encombrer - temporairement - l'espace de stockage avec un fichier tiff redondant, plus la perte de temps pour l'ouvrir sous une autre application, plus éventuellement le pense-bête pour le supprimer après usage.
Dans un flux de production, on peut probablement vivre avec, la perte de temps est inférieure à la minute... par photo, ce qui fait beaucoup si on doit en traiter 100 ou 1.000.
Ou on peut oublier Silver FX, et obtenir le même résultat directement en retouche. Mais avec un temps de traitement bien supérieur.