Tu peux toujours ré-aligner les calques à la main (sélection puis outil Déplacement et flèches haut/bas, pour décaler pixel par pixel).
Cela dit, la logique serait plutôt de couper quelques pixels et/ou de les remplacer par des bandes blanches.
Edit : en fait, j'ai l'impression que tu as dû déformer légèrement les images dans ton processus, car il faut re-déformer pour que tous les détails (toît, garde-fou, pierres du pont, reflet dans l'eau... soient "raccord". Sur cet exemple vite fait, ce n'est pas encore parfait.