Cependant, j'agis de mon côté sur du RAW qui est censé avoir simplement des couleurs non encore interprétées.
Je m'étonne donc d'avoir un rendu différent en sortie JPG selon que je fasse "Appliquer" ou "Convertir" sur mes NEF, puisqu'on est censé faire la véritable interprétation des couleurs pour la 1ère fois lors de cette sortie 
L'interprétation de ton RAW se fait par Capture NX2 lors de l'ouverture du fichier. Il va lire dans les metas le profil qui était configuré dans l'appareil et l'appliquer pour te donner le rendu à l'écran. Ensuite si il y a changement de profil, celui-ci sera écrit dans les métadonnées présentes dans le fichier.
Il est donc normal de voir une différence entre attribuer et convertir, car ton RAW se voit attribué le profil de l'appareil.
Le RAW est le fichier des données brutes, mais les logiciels, que ce soit Capture NX2 ou Photoshop ou autre, appliquent toujours un profil tel que définit dans le paramétrage du logiciel.
Je peux me tromper, mais j'ai toujours eu ce type de fonctionnement.
Lors de mes prises de vue, j'avais réglé le profil colorimétrique de mon APN sur Adobe RGB (je suis repassé depuis en SRGB).
Je souhaiterais désormais convertir ces "anciennes" photos en SRGB dans CaptureNX 2.
Ceci dit, je ne vois pas l'intérêt de vouloir modifier le profil qui est présent dans les metadonnées du fichier RAW.
Il peut y avoir une nécessité lors du traitement de faire cette conversion, de mon point de vue il est préférable d'être en Adobe RVB à la prise de vue qui est un espace plus grand que le sRVB et ensuite de passer en sRVB avant la génération du fichier jpg.