Au niveau du piqué, les différences seront surtout visibles aux très grandes ouvertures. Ainsi, le 50 mm f/1.8 G est meilleur à f/1.8 que le modèle AFD.
Mais à f/5.6 ou f/8, il y a très peu de chance que tu voies une différence, surtout avec le D90 qui ne possède pas une résolution exceptionnelle.
Personnellement, je te conseillerais d'avoir deux focales bien distinctes pour tes deux types de cadrage.
En effet, le 50 mm est une bonne optique mais elle a le cul entre deux chaises : trop longue pour faire du portrait en pied en intérieur, trop courte pour faire du cadrage vraiment serré.
Dans le cas particulier que tu exposes, je partirais sur 35 mm f/1.8 AFS + 85 f/1.8 (AFS ou AFD en fonction de ton budget, les deux sont très bons).
Le 85 f/1.4 AFD est aussi une alternative intéressante mais plus chère (700 € d'occasion), mais c'est une optique au rendu superbe.
Le 35 te permettrait le portrait en pied et le 85 assurerait les portraits visage + buste et visage serré sans être trop proche du sujet.
Sur un portrait serré, avec le 50 mm, tu devras te tenir trop près de ton sujet, rendant la pose assez inconfortable pour lui et rendant aussi la perspective peu flatteuse.