La balance des blancs automatique donne des résultats corrects dans la plupart des cas sans retouche.
Si il y a un problème systématique, y compris en lumière du jour et/ou au flash, c'est qu'il y a soit un problème sur ce boitier, toujours possible mais pas fréquent, soit plus probablement un problème à l'affichage, mauvais paramétrage de ton logiciel de retouche, ou des options d'affichage de ton écran, ou conflit entre deux couches logicielles (par exemple utilisation d'Adobe Gamma).
Idem pour le raw qui parait systématiquement sous-exposé de 2 IL par rapport au jpeg.
Je suggère de faire un test simple, qui consiste à télécharger NIkon View NX, gratuit, sur Nikon.fr et de voir si tes problèmes de dominante jaune et de sous-exposition se retrouvent avec ce logiciel.
Je te suggère également de faire quelques images de test en choisissant à la prise de vue le profil couleur sRGB plutôt que Adobe RGB : le phénomène d'images plus foncées peut aussi (entre autres) provenir d'une difficulté de ton écran à afficher correctement l'espace Adobe RGB.
A partir de là, on pourra essayer d'aller un peu plus loin dans l'origine du problème.
[Edit] : peux-tu également nous en dire plus sur ton système d'exploitation et ton écran ?