Je n'en sais pas assez sur les lois de l'optique pour répondre de manière générale et absolue.
En plus, chaque optique a ses propres règles cinétiques, qui font que les constatations pratiques ne se justifient pas complètement par les lois optiques. Pour illustrer mon propos, la lentille frontale du 60mm AF-D se situe à environ 2cm en retrait de l'avant de l'objectif.
Optiquement, on gagne donc 2cm par rapport au 60mm AF-S. En pratique, l'avant de l'objectif est toujours aussi près... (voir image ci-dessous).
Cela dit, vu leurs distances mini de mise au point respectives, il est très probable que leur focale réelle, IF (AF-S) ou non-IF (AF-D) se situe dans les deux cas autour de 50mm.