Étrange, ce qui t'arrive... Moi j'utilise aussi un D90, et tous les exif sont toujours là, aussi bien en RAW qu'en JPG, que l'image soit corrigée ou non. Je précise que je vois les exit soit avec ViewNX2, soit avec FastStone Image Viewer, un Viewer gratuit d'excellente qualité qui lit très bien les NEF. D'autre part, j'utilise soit Nikon Transfer, soit un lecteur de carte dans lequel je fourre ma carte SD. Dans tous les cas ça marche.
J'ai beau réfléchir à une explication possible de ton problème, je ne vois pas...
Good luck !!
Eric