Entre les deux que tu cites (D3100 et D90), je penche nettement vers le D90 qui est un boitier beaucoup plus souple à utiliser et aussi beaucoup plus évolutif. Compatible avec un grand nombre d'optiques et pouvant répondre à tout type d'utilisation.
Le D3100, lui, est beaucoup plus restreint mais tous deux donnent des images de qualité équivalente.
Au-dessus, il y a le remplaçant du D90 qui est le D7000. Ergonomie encore améliorée par rapport au D90 et qualité d'image légèrement supérieure, notamment en hautes sensibilités. Mais le budget n'est plus le même.
Venant d'un D40, le D90 sera déjà un bond qualitatif très intéressant et c'est un boitier costaud donc il te durera longtemps. Comme il vient d'être remplacé par le D7000, on le trouve aujourd'hui à un prix très intéressant qui en fait, à mon avis, la meilleure affaire du moment.