Un sujet qui bouge et une absence de luminosité sont deux gigantesques problèmes en photographie. Il faut un trépied, grimper en ISO (800 et plus), shooter en grande ouverture tout en essayant de limiter le temps d'ouverture au max.. 
Ton D5000 et cet objectif y arriverait très bien.
Pas du tout d'accord. Un sujet qui bouge en lumière faible sans autofocus et avec un viseur de D5000, c'est mission impossible et 99 % des photos seront floues.
Là où je suis d'accord, en revanche, c'est que ce qui pêche le plus est l'optique 18-105. Le fait qu'elle soit peu lumineuse n'aide pas à faire la mise au point.
Vu les focales que tu dis utiliser, un 35 mm f/1.8 serait à mon avis un bon investissement et devrait te permettre de t'en sortir sans flash.
Ici quelques photos faites au D300 sans flash (le capteur de ton D5000 est aussi performant) avec principalement un 50 mm 1.4 (le 35 mm 1.8 sera aussi bon). Sur la première page, toutes les photos ont été faites dans des conditions de lumière déplorables (souvent à 2000 iso)
http://www.didier.isaspectacles.fr/Spectacle/Ou je me demandais si il y avait une possibilité de "tricher" : faire une map manuelle à 4 metres par exemple, et se mettre à f11 avec un flash externe SB 600, et la "plage de netteté" couvrirait la plage de déplacement de ma femme ?
Surtout pas, si tu fermes autant, tu vas perdre tout l'éclairage ambiant et tu auras un éclairage au flash très dur. Si tu souhaites utiliser le flash, il faut monter en sensibilité (jusqu'à 800 iso, le D5000 est très bon et à 1600 iso, ça passe sans problème) et ouvrir le diaph pour que le flash soit sollicité le moins possible. La combinaison du flash avec une optique très lumineuse sera d'autant plus efficace pour garder la chaleur des éclairages de scène. Dans ce cas, tu pourras obtenir une bonne balance entre l'éclairage du spectacle et le flash qui restera discret.
Evidemment, l'assistance à la mise au point du flash sera beaucoup plus efficace que celle du boitier.