Je n'ai pas le 60mm AF-S. Je compare avec le 60 AF-D, les différences entre les deux générations étant minimes.
Pour débuter en macro, je conseillerai plutôt -avis personnel- le 60mm.
Le 105 est plus gros/plus lourd/plus cher et plus difficile, les mouvements étant amplifiés par la plus longue focale. Le pourcentage de déchet est sensiblement plus important à main levée.
Certains considèrent que, la focale du 105 étant plus longue, on a moins besoin de s'approcher du sujet, ce qui est un plus par exemple pour les insectes. En fait, on gagne tout au plus 5cm, ce qui fait une différence, mais pas aussi importante qu'on pourrait le supposer à la lecture de la fiche technique (les distances de MAP sont indiquées entre capteur et sujet, et pas entre la lentille frontale et le sujet).
Je trouve aussi le 60 un poil meilleur que le 105 du point de vue optique. Le 105 est très bon, mais le 60 est encore un petit niveau au dessus.
Enfin, en photo générale, hors macro, sur capteur DX le 60mm est plus passe-partout que le 105 qui demande beaucoup de recul.
Quant au VR, il vaut mieux l'oublier en macro.