LViatour, pour répondre à ta question, je dirais : oui, à type de capteur identique, à technologie identique, à firmware identique, à nombre de photosites identique, un petit capteur génère plus de bruit.
Mais il est difficile de comparer deux capteurs différents, car il y a d'autres paramètres (voir post de Sirakuse).
Canon s'en sort mieux en gestion de bruit alors que les capteurs concernés sont plus petits que ceux de Nikon (facteur 1,6 au lieu de 1,5).
Les capteurs peuvent être de différents types (CMOS, CCD...) : comportement différent.
Les techniques évoluent : on est capable d'améliorer le rendement des photosites (et le rapport signal/bruit).
Enfin, le traitement du signal s'améliore et permet, là encore, de diminuer le bruit, avant les autres procédés logiciels.
Pour l'imagerie scientifique et la photo astronomique, je ne suis pas sur que nos boitiers numériques soient encore la solution idéale... (même si Canon a sorti une série limitée d'un 20D spécial astro).