J'utilise Capture One (éditeur Phase One, rien à voir avec Nikon Capture NX, 1 ou 2), mais le principe est proche : le fichier .NEF travaillé ne s'enregistre pas en tant que fichier distinct de celui d'origine et toutes les modifs sont 100% réversibles sans pertes.
Mes fichiers de sortie, .tif ou éventuellement .jpeg, sont nommés "T_ numéro de la photo" , T pour "travaillé", et enregistrés dans un dossier "Travail" (subdivisé en sous dossiers, avec une arborescence plus ou moins identique à celle du dossier "raw originaux"). J'ai donc d'un côté les originaux plus les corrections réversibles ; et de l'autre le produit fini en tif, pour impression ou retouche approfondie , avec possibilité de retrouver facilement l'original par correspondance du n°.
Le nommage et l'enregistrement sont facilités par les routines du logiciel qui permettent de prédéfinir un format de nommage, une numérotation supplémentaire pour les variantes éventuelles et le dossier/sous-dossier de sortie.