J'ai la meme config que toi, mais 2 batteries EN-EL3e, et quelque soit la EN-EL3e dans le boitier, avec utilisation prioritaire de la EN-EL4a du grip, celle du boitier se décharge.
A part de l'autodécharge, je ne m'explique pas le phénomène, qu'il faut d'ailleurs surveiller, car l'autonomie étant très importante avec la EN-EL4a (je dirais 1200 photos mini), une fois je suis arrivé au bout de la EN-EL4a, et celle du boitier était casi vide aussi, alors qu'elle est censé prendre le relai !!