Dommage que les exifs soient illisibles, du coup on ne peut pas dire grand chose.
Pour la 1, l'expo me semble correcte. Après, c'est une question de rendu qu'on préfère plus dense ou pas. Il me semble que le D90 (comme le D300) a tendance à surexposer légèrement donc tu peux tenter une correction d'expo permanente de -0.3 IL.
Pour la 2, c'est vrai que c'est un peu terne, mais ça peut être la BDB ou la lumière à l'intérieur de la voiture qui sont en cause (on devine une dominante verdatre)
Il faudrait savoir quels sont tes réglages d'optimisation pour t'en dire plus. Si tu es sur "neutre", ça me semble normal.
Pour les portraits, tu peux utiliser le mode D2X II qui est excellent pour le rendu des tons chairs (à télécharger sur le site Nikon). Pour les paysages, il y a un mode dédié dans le D90.
Eventuellement, tu peux aussi pousser un peu le curseur de saturation, mais attention à ne pas exagérer.
En tout état de cause, si tu veux pouvoir contrôler le rendu de tes photos, il vaut mieux quitter les modes auto pour régler ton boitier par toi-même. A la limite, le D-lighting sur auto, pourquoi pas, il parait que c'est efficace. Mais sur le réglage "low" ça suffit la pluprt du temps et ça évite les pertes de contraste.
Ensuite, contrairement à ce que tu disais, les APN Nikon ne donnent pas spécialement des couleurs vives. Tout dépend des réglages et aussi du boitier.
De manière générale, les boitiers ciblés "débutants" comme le D3000 ou le D5000 (pas de polémique...) ont un réglage par défaut plus cliquant. Les boitiers pros ont un réglage très doux et le D90, qui se situe entre les deux, a un réglage de base assez neutre. Partant de là, tes photos peuvent être améliorées, c'est sûr, mais il n'y a vraiment rien qui me semble anormal.
Et pour finir, si tu veux expérimenter tous les réglages de rendu d'image, le plus simple est encore d'utiliser le format raw pour de "développer" ta photo en appliquant les différents réglages d'optimisation d'images possibles (avec View NX par exemple si tu ne possèdes pas Capture). Ainsi, à l'écran, tu trouves les réglages qui te conviennent et tu n'as plus qu'à les appliquer dans le boitier.
Bon courage !