J'ai un D3 et un D300, et pour des photos de nuit (sous-entendu : par lumières très faibles), le D700 (qui a le même capteur que le D3) est incontestablement le bon choix.
Les logiciels de réduction de bruit, c'est bien joli mais c'est loin d'être la panacée. J'en ai plusieurs (Noise Ninja et Noiseware Pro) et aucun ne fait de miracles. D'abord, apprendre à bien les maîtriser prend du temps et n'a rien d'évident, et ensuite, ce n'est pas la panacée (sinon, ça se saurait et les ingénieurs arrêteraient de se casser la tête pour développer les capteurs de plus en plus performants dans les hauts ISO). En effet, réduction du bruit va très souvent de pair avec création d'à-plats et perte de nuances...
Donc, je te conseille un D700 avec un objectif lumineux (lequel ? ça dépend de tes besoins), et bien sûr un bon contrôle des ISO (pas sur "auto", hein !).