A ma connaissance, le D5000 partage le module de mesure de lumière du D90. Ce n'est pas le module le plus fiable, mais il ne semble pas poser de problème particulier dans le sens mesure aléatoire.
Ceci dit, avec la mesure matricielle, il suffit d'un petit décalage du cadre pour faire varier la mesure et aucun boitier ne te garantira une mesure rigoureusement identique. Sauf en mode M, qui me semble le plus indiqué dans ton cas.