A titre indicatif, voici mes réglages et le "pourquoi du comment" :
Programme A 95% : pour le controle du diaph et donc de la PDC (profondeur de champ),
Programme M 3% : pour la photo de nuit et autres cas très particuliers,
Programme S 2% : pour certaines photos de sport où je veux être certain de la vitesse (aussi bien haute pour fixer le mouvement que faible pour controler les filés).
Correction d'expo : 0 IL pour ne pas trop cramer les hautes lumières
Matricielle ou centrale pondérée 95 % : en fonction de l'humeur, de la vitesse du vent, de l'épaisseur du brouillard, etc.
Spot 5 % : quand il y en a besoin

Qualité JPG (FIN bien sur !!) 95 % : c'est largement suffisant et je n'ai pas de carte CF à capacité extensible ni de PC suffisament puissant pour traiter les NEF sans y passer des plombes.
RAW (NEF pour les intimes) 5% : pour les balances de blancs difficiles et autres délires
ISO manuel 100% : 200, 400, 800, 1600
Balance des blancs : Auto (80%) ou mesuré (20%)
Réglage image sur "perso" : tout à 0 sauf sur la netteté avec un réglage sur 0+ (légèrement dur). C'est mieux que "normal" et j'aime pas le "++ très dur" ça fait trop artificiel.
Molette arrière pour le réglage du diaph, sélecteur AF central, Bouton AEL/AFL sur "AF-ON" et déclencheur sur AE-Lock, afficher l'image après la prise de vue (pour vérifier le cadrage et l'histogramme général)
Braketing (je l'utilise assez rarement) sur +/- 1 à 2 IL
Flash de 0 à -1 IL et souvent en synchro lente pour les filés
J'ai déjà jouer avec les courbes pour voir à quoi ça resemblait : c'est marrant, mais c'est pas vraiment utile dans mon cas...
Voila, je pense que tout y est.