Le terme encapsuler me semble éhonté, mais reprenons ....
Un .NEF sauvegardé en .JPEG perd effectivement en qualité, tu appliques en fait un logiciel de compression sur ton image et le mécanisme de compression correspondant à la norme JPEG te fais perdre en qualité. Au passage je réponds à ta question des différents logiciels => application d'une norme, donc sauf mauvaise programmation le résultat est identique.
PS: Sur un écran, tu ne vois pas grand chose en terme de perte si tu ne compresses pas trop. Généralement afin d'éviter une trop grnde compression je réduis le nbr de ppi à 72 ou 80 pour un passage sur écran, ensuite j'ajuste la taille à 800x600, ensuite seulement j'enregistre en .JPEG avec le minimum de compression cela te fourni des images qui pèsent 150 à 300Ko