La différence, c'est en effet le nombre de pixels qui composent ton image après recadrage, autrement dit sa définition.
Cela dit, pour un affichage sur écran ou une galerie Web, 6 Mpix après recadrage sont plus que suffisants.
Mais si tu veux tirer ton image sur du papier A3+ ou A2, ou plus grand, il vaut mieux un fichier de 16 Mpix ou supérieur. Et dans les boitiers Nikon FX, seul les D800/810, avec leurs 36 Mpix, permettent d'en conserver 16 après recadrage "équivalent DX".