Personnellement, j'ai utilisé des Nikon 35mm et 50mm Serie E avec une BR2A, et de mémoire, j'obtiens les mêmes résultats que toi : des photos bien, mais qui manquent de piqué et de contraste, et qui sont un peu terne (en comparaison d'un objectif macro type 105mm AFS).
Pour le piqué, les 2 principaux éléments qui influent significativement dessus (en dehors du matériel), ce sont la MAP et la lumière.
Pour la MAP : le 18-55 ne te permets pas une visée à PO (hormis bidouillage avec la came d'ouverture et les risque de faire bouger le montage. Puisque tu utilise déjà un plateau micrométrique, la seule aide supplémentaire serait de prendre un objectif avec bague de diaph (quelque soit la monture comme le faisait remarquer nanou59), ce qui te permettrait, de plus, de faire une photo à une ouverture autre que l'ouverture mini. Avec le 18-55, il faudrait un moyen de bloquer la came pour forcer l'ouverture de l'iris (comme le fait remy-king), et ensuite relâcher une fois la MAP faite. Le problème est de ne pas faire bouge le boitier lors du relâchement.
Pour la lumière, il faudrait que tu nous parles de ton mini studio. A la vue des photos, on dirait que tout est en lumière naturelle et en intérieur. Le problème, c'est que ça ne fait pas beaucoup de lumière. Un apport de lumière supplémentaire (flash + diffuseur, ou même une lampe de bureau avec un papier calque si on est dans le bricolage) pourrait être bénéfique. Le piqué d'une photo passe aussi par le contraste. Et pour avoir du contraste, il faut de la lumière.
Pour terminer, une chose n'a pas changé depuis que la photographie existe : il y a 2 étapes : la prise de vue et le développement.
Tu photographie en jpeg direct ? Ca signifie que tu laisse le boitier faire un développement standard. Je ne peux que te conseiller de trouver un logiciel de post traitement (à minima, Gimp qui est gratuit, même si il est peut être un minimum difficile à maitriser) pour traiter tes photos correctement. On peu faire beaucoup de choses en post traitement, et un traitement même léger peut apporter beaucoup (surtout au niveau exposition/contraste), d'autant plus que l'exposition est difficile à gérer avec un D3200 en inversé. Entre les pertes de lumière et l'absence du fonctionnement de la cellule du boitier, c'est un peu 'au pifomètre'. Donc pouvoir agir ensuite peut être d'une grande aide.
Si tu ne souhaites pas passer par un logiciel, il sera nécessaire de fouiller les paramètres du boitier pour agir sur l'accentuation (entre autre).