Les objectifs modernes ont un moteur autofocus intégré. Les anciens objectifs autofocus étaient motorisés par le boitier. Le D90 possède un moteur autofocus, il est donc compatible avec tous les objectifs autofocus.
Les boitiers bas de gamme, type D3xxx/5xxx, ne possèdent pas ce moteur. Ils doivent donc se contenter des objectifs avec moteur intégré (AF-S chez Nikon, HSM chez Sigma, USD chez Tamron).