Les photos sont été faite sur trépied ?
Pour écarter ou confirmer la théorie du back focus, il faut faire une photo sur trépied en AF-S sur sujet fixe à f/2.8, et la même photo en liveview. Si c'est bien cela, et vu ta 1ère photo, si c'est un back focus, la différence sera flagrante.
Sinon c'est peut être la distance mini de MAP non respectée comme le souligne blaise1957.