Le fait que tes deux premiers boitiers aient souffert d'un problème et que le troisième boitier était parfait ne prouve en rien que ces boitiers étaient physiquement différents.
Les problèmes de réglages d'AF ont été relativement nombreux sur le D800, ça a fait couler pas mal d'encre sur les forums. Tu t'es probablement tout simplement trouvé confronté à un problème de ce genre avec tes 2 premiers boitiers. De là à en déduire que ces deux boitiers étaient équipés de filtres alors qu'ils n'auraient pas du l'être, c'est plutôt rapide comme déduction.
Et ça me semble surtout totalement déplacé pour quelqu'un qui prétend "je peux affirmer que...".
Pour affirmer, il faudrait quand même avoir quelques éléments un peu plus solides, il me semble.
Comment expliquer ? Le troisième réagit différemment des deux premiers et oui, les faits sont là. Ai-je hérité d'un boitier qui était destiné à des journalistes ? Comme dans l'automobile ou chaque constructeur à un service qui est dédié à préparer les véhicules pour les journalistes. Hein ? Mais nan, je l'ai pas dit…

Il y a deux hypothèses :
1°) Nikon vend des D800 camouflés, abusivement siglés D800E et au prix du D800 E
2°) le réglage fin de l'AF que tu as effectué sur tes deux premiers boitiers n'était pas parfait.
Dans le premier cas, c'est puni par la loi.
Dans le deuxième cas, le problème se situe au niveau de l'utilisateur.
Franchement, même si le réglage fin n'était pas parfait à -3 sur +/-20, les vues sur l'infini fermé à f/11, sur les deux premiers exemplaires, il y a comme un voile comparé à celles du troisième exemplaire. Entre le déséquilibre des collimateurs et moi qui sait pas régler toujours ces deux premiers fichus boitiers, et les moteurs AFS des objectifs qui couinent, visiblement les gens de chez Nikon m'en veulent vraiment !
Non, je ne compte pas coller un procès à Nikon, j'ai faillit le faire pour Cirque…
ça fait trois semaines que je suis avec mon troisième D800E, depuis juin 2012 on était à 100% de boitiers défectueux aujourd'hui, on en est à 2 sur 3, vous voyez, on progresse…

Il peux y avoir une autre hypothèse, c'est qu'il manque des filtres sur le troisième boitier, mais celui-là on va le laisser tel qu'il est.
On peut toujours demander à Guy Michel Cogné ou Ronan Loaëc de faire une enquête ?

Par ailleurs, quand tu écris : "Je me suis aperçu qu'en faisant des tirages à 100% de la taille réel avec le troisième exemplaire piquait plus que les deux précédents", le réglage d'accentuation était-il le même ?
Oui, j'ai reporté les mêmes réglages sur les trois boitiers