Je crois que Sini parlait des optimisations sur le boitier, dans le langage Nikon : le picture control.
Si tu fais tes images en raw, tu as au contraire intérêt à laisser tous les réglages du boitier sur neutre ou sur standard, ce qui facilitera la retouche. Il et plus facile est moins destructeur d'ajouter (du contraste, de la saturation, de l'accentuation...) à la retouche que d'en enlever.
Et pour ton flux de travail, ne change rien. Sauf la sortie en jpeg, selon ce que tu veux faire de tes images.
Le jpeg est plutôt destiné aux images qui "voyagent" sur le net, galeries, envoi aux proches par e-mail etc. Mais c'est un format compressé, donc avec des pertes à chaque cycle d'ouverture/modification/enregistrement. Il vaut mieux sauvegarder en .tiff ou en .DNG, deux formats plus gourmands en espace-disque mais non compressés. Tu pourras ainsi ré-ouvrir indéfiniment le fichier, pour le retoucher à nouveau, ou bien pour le convertir en jpeg de plus petite taille, etc., selon tes besoins du moment.