Le sujet a peut être avancé entre le moment où tu as fait la MAP et le moment où tu as déclenché.
En AF-A, c'est le boitier qui décide s'il se met en AS-S ou AF-C. Le D5000 n'étant pas le plus performant des boitiers, il n'a peut être pas détecté le déplacement du sujet, ou bien n'a pas réussi à suivre assez vite l'avancée du sujet.
A retester en AF-C dans ce genre de situation (avec éventuellement une priorité à la MAP et non pas au déclenchement si le D5000 permet ce réglage).
Pour écarter les problèmes de front/back focus, tu peux prendre une photo d'un sujet fixe (à pleine ouverture, et sujet proche) en AF-S sur trépied, et comparer avec la même photo en liveview.