Le classement par dossier thème sur le DD à mon avis bride l'utilisation de Lr. Si sur ta carte tu as de la faune, de l'archi et tatie Ginette, l'import va être coton. Obligé de le faire en plusieurs passes ou vider ta carte de manière selective sur le DD puis import dans Lr ... ça complique le flux de travail. Un classement chronologique sur le DD du style année/semaine1 ... semaine2 ... te permet de t'affranchir de tout ça. Tu importes direct de l'apn depuis Lr en paramétrant correctement les options d'import et pour ton classement annexe tu utilises tags et collections ... 
Pas d'accord non plus.
Le classement chronologique n'a aucun intérêt puisque LR sait lire les données des photos et afficher automatiquement les images de façon chronologique même si elles ne sont pas classées ainsi. Donc ça n'apporte rien pour moi.
Ce que je fais, et préconise, c'est de tout importer dans un dossier Importation. Ensuite, après tri des photos, il suffit de glisser celles qui correspondent à une série dans le dossier LR de la série. C'est simple, efficace, rapide et ça évite les erreurs.
De plus, gros avantage, si vous n'avez pas,le temps de trier à l'importation, il suffit de revenir dans le dossier Importation plus tard pour le faire, ou le finir.
Personnellement, j'utilise plusieurs dossiers "temporaires" pour gérer mon flux de traitement :
Importation
Indexation
Classement
Traitement
Et je passe les photos de l'un à l'autre jusqu'à ce que chacune soit gérée. Et si je reviens trois jours plus tard, je sais exactement où j'en suis. De plus parfois je n'ai pas envie de développer aussi je gère les fichiers à indexer, etc.