Plusieurs raisons peuvent être à l'origine de ce flou : l'optique elle-même, qui peut donner moins de netteté sur les bords et sera plus précise au centre, ou alors le choix de la profondeur de champ selon la focale, mais avec un 35mm il y a de la marge quand même. As-tu utilisé une très grande ouverture ? La netteté assurée par l'AF ne fait pas tout non plus. Plus le diaphragme est ouvert, moins on a de profondeur de champ. Il y a un testeur de profondeur de champ sur le D90, c'est bien utile.
Et puis tout dépend aussi de la façon dont tu observes tes images : en les agrandissant sur l'écran peut-être ? Ça modifie aussi la perception de la netteté.
Vas voir sur le site ROMINFO, il y a une rubrique spéciale pour le D90, avec pas mal de conseils.