Le JPEG est un format compressé, de plus lorsque tu as pris ta photo avec un certain nombre de réglages sur ton boitier il est plus difficile ensuite de les rectifier en post-traitement. Visuellement tu ne verras pas de différence entre un JPEG à compression minimale et un RAW.
De même si tu souhaite sur-échantillonner ton image (par exemple passer d'un 6Mpx à un 10Mpx, mieux vaut le faire en partant du NEF (RAW). A ce niveau Photoshop fait des miracles et j'ai très souvent doublé la résolution de ma photo sans perte visuelle de qualité (du moins pour le commun des mortel).
Pour les NEF il faut impérativement traiter le fichier pour pouvoir l'enregistrer dans le format de ton choix (jpeg, tiff, etc.).
Tu n'es pas obligé d'utiliser un logiciel spécifique Nikon comme Capture NX, les modules Camera Raw de Photoshop par exemple fonctionnent très bien. C'est une question ensuite de goût.