à mon avis cela vient de ton derawtiseur, sinon tes JPG sortiraient aussi en NB, est-ce que tu n'aurais pas enregistré un profil NB par défaut.
Je sais que sous gimp, UFRAW ouvre les fichiers nef, avec les derniers réglages effectués même s'ils n'ont pas été enregistrés (enfin un peu quand même en passant de ufraw à gimp)