Bonjour.
Effectivement, le D90 stocke ses photos dans un répertoire, type 100NCD90. Au bout de 9999 photo, il passe à un nouveau répertoire, 101NCD et ainsi de suite.
Tu fais sans doute beaucoup de photos, mais je ne pense pas que tu sois dans ce cas-là

.
Par contre, quand tu rapatrie tes photos (type DSCxxxx.JPG/NEF par défaut), et que tu les effaces de ta carte, le NIKON repart parfois à la photo 0001.
Tu risques donc de te retrouver avec des doublons.
En fait, il y a un paramètre (d7), qui règle la façon de numéroter:
- activé: les photos sont numérotées DSC0001 ... DSC9999, puis reprend à DSC0001. Donc tu as 9999 photos avec des noms différents. Au delà, il faut trier

. C'est le réglage que j'utilise (et j'ai fait un tour de compteur, je repart donc à DSC0001...)
- désactivé: la numérotation reprend à 0001 lorsque la carte est formatée. C'est le réglage par défaut, qui pourrait expliquer ton problème de numérotation...
- Réinitialiser: remet le compteur à 0001
Conclusion, regarde ce paramètre d7 (Menu réglages perso / d Prise de vue/affichage/ d7Séquence numérique images => Activée).
Bonnes photos!