Bon, on va y arriver !
Dans ce cas, tout est normal. Tu as certains réglages sur le boitier, notamment les optimisations d'images, qui s'appliquent au fichier jpeg: saturation, accentuation notamment.
Ces paramètres ne s'appliquent pas au fichier raw qui est un fichier "brut". Lorsqu'on ouvre les nef avec un logiciel Nikon (Capture NX par exemple), les réglages boitier sont appliqués par défaut et donc NEf ou Jpeg donneront le même rendu.
Mais si on ouvre le nef avec un logiciel autre (comme Camera Raw), ce logiciel ne reconnait pas les réglages boitier et ouvre donc le fichier brut. Les fichiers bruts des boitiers sont "mous" et fades, c'est destiné à pouvoir post-traiter avec plus de facilité.
Il faut alors appliquer un filtre d'accentuation (ou masque de flou) et régler la saturation des couleurs.
Tu peux, avec photoshop, créer un script que tu appliqueras directement à toutes tes photos.