Alors, si je ne dis pas de connerie, le 40D est en 14 bits, le D90 en 12 (de nombreux tests démontre que la différence est la plupart du temps invisible...). Il est théoriquement un peu plus solide, avec un boîtier en magnésium, celui du D90 est plus léger, en aluminium et plastique.
(et la rafale déjà dit)
Pour le reste c'est kif-kif... Je choisirais le D90 parce qu'il est plus récent, la dynamique est meilleure, la montée en ISO aussi. Je ne pourrais pas comparer les deux mesures n'ayant pas eu les deux en même temps, mais je me souviens que mon 40D exposait beaucoup moins bien que mon D700 (heureusement tu vas me dire...).
Pour l'autofocus, même de gamme au dessus, le 40D est théoriquement moins bon avec seulement 9 points, contre 11 pour le D90. A côté des 51 points des D300, D700 et D3, il est bien sûr moins véloce, mais d'après les tests, se débrouille vraiment très bien (voir test de dpreview).
Petit détail, la mesure spot du D90 est plus fine, avec 2% d'espace couvert contre 3.8% pour le 40D (ça sera plus intéressant si tu fais de la macro).
Enfin je suis pas trop objectif finalement, parce que je compte m'acheter un D90 pour compléter mon D700, et puis on est sur un forum Nikon aussi
(mais ayant eu le 40D, j'ai quand même une connaissance minimum)
Donc pour résumer si tu veux planter des clous avec, prends plutôt un 40D, si tu veux des belles photos, fais toi plaisir avec le D90
(oui c'est une blague, il est évidemment possible de faire des belles photos avec un 40D)