Tout dépend de l'usage, mais si l'on fait 95% de ses tirages en A3 ou A4... 12M pixels ou 16 ou 24 j'ai du mal à constater des différences significatives.
Le monobloc, comme dit Pierre, il faut "l'accepter", c'est certes une enclume, mais en termes de rapidité, précision AF et de stabilité pour les sujets "agités-mobiles", ça reste le top.
Je partage aussi l'avis de Pierre64, les capteurs peu pixellisés même anciens restent très performants en basse lumière. (je shoote exclusivement en Raw)
Je n'ai jamais eu de D3, j'utilise depuis plus de 10 ans un D3s (qui est certes un peu plus performant que le D3, voir le graphe ci-dessous) et aujourd’hui quand je le compare à mon Z6 de conception récente, mis à part le poids et la détection auto des yeux, la différence reste ténue et en basse lumière je préfère clairement le rendu du Df et du D3s.
Le graphe ci-dessous résume bien mon ressenti.