Question : après la 999 photo, un dossier supplémentaire se crée sur la carte mémoire pour y enregistrer les suivantes. (1000, 1001 etc). Ce qui est étonnant car les n° des photos vont jusqu'à 9999.
Pour aller jusqu'à 9999, tu as donc activé l'option (activée par défaut, en général) de numérotation incrémentale dite "séquence numérique d'images", menu e6.
Mais après 9999, si tu veux continuer la séquence, il faut modifier le nom des fichiers. Le nom générique est _DSC 0000. Il faut le transformer par exemple en _DS1 0000 (puis DS2 0000, etc.). Dans ce cas, tu auras bien un dossier contenant les images -DSC 0001 à 9999, puis un dossier pour les images _DS1 0001 à 9999, etc, et aucun risque de conflit entre deux images portant le même nom à l'intérieur d'un même dossier.
Sinon, après 9999, tu auras, comme tu le constates, un nouveau dossier créé pour chaque série de 999 images supplémentaires.
Ce n'est à vrai dire pas très gênant (amha), et probablement moins contraignant que de devoir naviguer dans les menus pour modifier à la volée le nom des fichiers toutes les 9999 images (soit un week-end sur 4 ou 5 dans ton cas

).