Si les cartes repartent à 0001 chaque fois et que les boitiers ont écrit sur plusieurs cartes, tu risques même d'avoir plus de deux fichiers avec le même nom. D'où, par précaution, un dossier par carte.
Normalement, quand tu vas ensuite les rassembler dans un seul dossier, le système d'exploitation devrait t'alerter s'il y a doublon, et il va te proposer de conserver les deux fichiers et de renommer les fichiers en double, en ajoutant (2) à la fin par exemple. Ça t'évitera de renommer manuellement.