Bonjour,
tout d'abord je m'exprime en pensant que lorsque vous parlez de première image il ne s'agit pas de la vignette mais bien de l'image elle-même.
"la première image que je vois dans LR est déjà au format JPEG" : JPEG est un format de fichier, comme Tiff ou NEF, dont les caractéristiques principales sont un codage des couleurs sur 8 bits et une compression plus ou moins destructive. Une image affichée dans LR n'a pas de format en ce sens, mais elle a quelques caractéristiques, en particulier concernant le codage des couleurs : un espace de couleur - ou profil - , un nombre de bits pour le codage des couleurs - 8, 16 bits ou plus. Comme vous le dites, lors de l'importation par LR d'un fichier NEF le logiciel calcule une image à partir des données du fichier, mais ce calcul est influencé par les réglages de LR : espace de travail (ProphotoRGB par défaut), reconnaissance du couple boîtier-objectif, accentuation de la netteté, réduction du bruit, détermination d'une balance des blancs... Avant même votre première intervention, LR a effectué des transformations par défaut que vous pouvez modifier (en partie au moins) dans les réglages du logiciel.
C'est aussi ce que fait votre appareil photo lorsqu'il produit un fichier JPEG, mais de façon plus fine car le constructeur n'a à prendre en compte que son seul matériel. Vous pouvez aussi modifier ces réglages par défaut dans les menus de l'appareil.
Ce n'est qu'au moment de l'exportation que vous choisissez le format de fichier et l'espace de couleur, souvent on associe au format JPEG l'espace sRGB car les 8 bits du codage JPEG ne font pas bon ménage avec Le proPhotoRGB par exemple.
Je crois que la réponse à votre deuxième question découle de ce qui précède. Vous pouvez utiliser LR pour retoucher une image qui a été enregistrée au format JPEG, mais les traitements s'appliquent alors à des données qui ont déjà été modifiées avec une perte d'information. Le plus évident est de prendre une photo comportant des hautes ou basses lumières en JPEG et en RAW. Si les hautes lumières sont cramées dans le JPEG vous ne pouvez pas y retrouver des nuances alors que vous le pourrez probablement dans le RAW, sauf si la sur-exposition est vraiment trop importante. C'est encore plus spectaculaire avec les basses lumières bouchées. C'est ce que vous disiez en conclusion.
En espérant vous avoir été utile.