quand je peins avec une opacité de 50% par exemple, et si je reviens là où je suis déjà passé ça ajoute une "nouvelle épaisseur" ...il y a t-il un moyen d'éviter cela ? 
Oui, ça se cumule, comme d'ailleurs tous les outils réglés à moins de 100%. Pas trouvé non plus comment éviter ça.
Sauf en évitant de relever la pointe du stylet (ou le clic de souris) : tant qu'on est en dessin actif, c'est considéré comme un seul passage, même si on repasse plusieurs fois au même endroit.
Sinon: toujours peindre à 100% + régler l'opacité
du calque (en entier, donc) pour diminuer l'effet. Ou au contraire, régler l'outil à une opacité très faible, 5 à 10%, pour pouvoir repasser plusieurs fois jusqu'à obtention du résultat.