Félicitation pour ton acquisition.
Un livre sur la photo ne peut faire aucun mal, mais je laisse à ceux qui les ont lus le soin d'en conseiller.
Le CD contient essenciellement un pilote pour que Win (ou OS) reconnaisse le D90 branché par USB, un logiciel pour importer les photos depuis l'appareil et un logiciel de retouche.
Le mode manuel n'est pas une obligation. Tant que les automatismes font leur boulot correctement, autant en profiter. Si les conditions sont spéciales (fort contrastes, faible lumière, nécessité de figer l'expo pour plusieures prises...), il est toujours temps de reprendre la main.
Le JPEG et le RAW ont chacun leurs avantages (et leurs inconvénients). L'avantage du JPEG est son instantanéité: la photo (si elle est correctement prise) est directement exploitable pour projection/impression/autre utilisation. Le RAW doit obligatoirement passer par le post-traitement (ne serait-ce que pour le convertir en JPEG). Son intéret est une meilleure dynamique (12bits contre 8 par couleur), d'où une plus large latitude de corrections, et une sauvegarde non-destructive des corrections (ré-éditable ultérieurement sans pertes).
Les questions sont là pour être posées, ne soit pas désolé.