Bonjour,
Je viens de faire le test, j'ai paramétré carte 1 NEF, carte 2 JPEG, j'ai effectivement les NEF sur la carte 1 et les JPEG sur la carte 2.
J'ai ensuite sorti la carte 1, pris un cliché sans modifier aucun réglage, et un exemplaire de chaque (NEF et JPEG) on été enregistré sur la carte 2.
Donc, ça devrait marcher dans ton cas.