Bonjour Patriarche (j'en suis un aussi),
Pour avoir commencé le numérique depuis presque le début (1998, je crois, avec un 800.000 px), j'ai eu le temps de me faire des noeuds...

Alors, si j'ai adopté depuis longtemps un système de dossiers hiérarchiques comme toi je pense, j'ai mis des légendes et des mots clés depuis le début. Au début j'ai fait ça bêtement sans trop savoir comment les utiliser... ni même pourquoi (cela frôlait la stupidité...) maintenant je sais et je sais que j'ai bien fait. Sauf que j'ai acheté le bouquin de Peter KROGH et que je me suis rendu compte que j'aurais du revoir un peu mon système. A tout ceux qui ont une base de photos importante (pour moi c'est environ 35.000 - j'ai du mal à éliminer un fichier, et comme le dit PK, au prix des HD, sauf raté total...) je conseille cet achat : précisions sur les exifs, iptc, xmp etc, gestion des cotations, couleurs, utilisation des catalogueurs, sauvegardes et j'en passe beaucoup.
Pour revenir à ta question, le système de dossier hiérarchique c'est bien, mais pas suffisant. Je classe par voyage. Ok. Mais comment retrouver ma trombine (par ex) entre 2000 et 2002 ? C'est là que les mots clés vont être utiles : dans un catalogueur, il suffit que je recherche "Alain + 2000+2001+2002" et ça marche impec

Idem si je veux ma trombine + celle de ma chérie en 2003. Simple et efficace. Après on fait ce que l'on veut de la sélection : export, choix, traitement, catalogue virtuel etc...
Ou chez moi : Cannes+Maison+home+...
Bien sûr, LA chose à ne pas faire c'est de laisser un logiciel gérer tout seul une base. C'est le meilleur moyen de ne plus rien retrouver.
Il suffit que la base perde son index, et si pas de sauvegarde

Je récapitule :
DES import des photos, (même si ça me gonfle un peu par moment) et avant tout traitement ou quoi que ce soit :
J'utilise Graphic Converter sur Mac, mais Lightroom est aussi bien, voire mieux pour rentrer :
Légende
Mots clés
Copyright (je n'ai jamais vendu une photo, mais ça ne coûte pas grand chose de le rentrer)
L'avantage de faire ça de suite :
On traite NEF et jpeg en même temps (si on fait des doublons), les fichiers résultant du traitement des NEF (en jpg, Tiff, DNG ou un format quelconque) seront porteurs des métadonnées insérées (là c'est des IPTC, mais les exifs seront exportés comme d'hab).
A partir de là, plus de soucis, quoi que je fasse je récupère mes fichiers. Puisque même si un soir j'ai des idées bizarres (ça arrive à mon âge), et que je paume mes fichiers

, par les mots clés je les retrouve toujours (saufs s'ils sont partis à la poubelle

)
Je pense qu'il est inutile de préciser l'intérêt d'une légende

Pour les mots clés, c'est toujours pareil :
date, localisation principale, localisation secondaire, sujet principal, type de photo (macro, nuit...) etc.
Je précise qu'en plus, en traitant de suite, comme on peut insérer les mots clés sur une série de photo, en passant du plus général aux précisions, on n'a pas trop de manips à faire. Le problème se pose quand on rentre de voyage avec une collecte de 4 à 8000 clichés...
Mais si on est un poil organisé, on s'en sors assez vite.
A ta disposition pour plus de précisions.
Cordialement