Deux différences majeures :
1 - L'ergonomie : Sur le D5000, l'accès aux réglages avancés se fait en naviguant dans des menus sur écran, comme sur les compacts et les bridges, ce qui incite fortement à utiliser les programmes-résultat. Sur le D90 la quasi-totalité réglages est accessible par bouton, combinaison de boutons ou bouton + molette.
2 - Le viseur, bien meilleur sur le D90
Une différence importante pour les personnes possédant un parc optique ancien et anecdotique pour les autres : le D90 possède un moteur intégré qui permet d'utiliser l'autofocus sur les vielles optiques AF et AFD